Japonya, Shinogara denilen zalim bir örgüt tarafından gizlice yönetilmektedir. En iyi suikastçıları olan Hayate Kanuma'nın babası Shinogara'nın lideridir. nHayate, bu örgütün kötü olduğunu bildiği için kendini tehlikeye atarak babasını öldürür. Artık eski yoldaşları tarafından kovalandığı için kız kardeşi ile birlikte güvenli bir yer bulabilmek için kaçmaktadırlar. Ölümcül bir yara aldıktan sonra ruhunu kız kardeşine aktararak geçici olarak gücünü onunla paylaşır. Kız kardeşi Shiori, Hayate'nin ninja yeteneklerini uyandırıp kullanabilmektedir ancak her kullanışında kendi benliğini biraz daha kaybetmektedir. Bu sonsuza kadar böyle devam edemez, peki Hayate Shinogara'yı nasıl tamamen yok edebilir?