2059 yılında, dünya, ani bir uzaylı istilası altında kalmıştır ve devasa boylardaki uzaylılara karşı yapacak pek bir şey de bulunmamaktadır. Uzaylılar hakkında bilgi edinmek için bir bilim adamı, yarı-uzaylı yarı-mekanik bir yaratık üzerinde çalışmaktadır. Yardımcıları Maki Agata ve Tukuto Kenishiro ile bu yaratığı canlandırmaya çalıştıklarında yaratık kontrolden çıkar ve laboraturarı yokeder. Kenishiro kendine geldiğinde, yüzünün yarısı yanmış ve hayatı darmadağın olmuş bir şekilde hastanede uyanır. Hastanedeyken gizemli 'Bay X' ortaya çıkar ve Kenishiro'ya yeni bir kimlik sağlayıp, uzaylılara karşı savaşma fırsatı verir. Kenishiro, yeni kimliği Ryu Soma ile 'Funeral' adındaki organizasyonun bir subayı olarak yeni bir hayata başlar. Ama intikam isteği dolu geçmişi onu rahat bırakmayacaktır...