1999 yılında Güney Atalia adasına düşen bir uzay gemisi insanoğluna evrende kendilerininki dışında başka uygarlıkların da bulunduğu gerçeğini göstermiştir. Çarpmanın ardından geçen on yılda enkazdan elde edilen veriler sayesinde teknolojide büyük atlamalar gerçekleştirilmiştir. On yılın sonunda uzay gemisi onarılmış ve SDF-1 Macross adı ile kalkışa hazır hale getirilmiştir. SDF-1'in kalkışının gerçekleştirileceği gün insanoğlu bir başka uygarlık olan Zentraedi ırkı ile karşı karşıya kalır. Geminin ve barındırdığı teknolojiyi insanlığın elinden almak isteyen Zentraediler dünyaya yıkıcı bir saldırı gerçekleştirirler. Birleşmiş Milletler ile Zentraedi kuvvetleri arasında yaşanan bu çatışma her iki ırkın kaderini sonsuza kadar değiştirecek kozmik bir savaşa dönüşecektir.