Tetsurou Hoshino, annesinin katili Kont Mecha'dan intikam almak için ölümsüz bir mekanik beden elde etmeyi kafaya koymuş bir çocuktur. Bununla birlikte, aradığını elde etmenin inanılmaz maliyeti nedeniyle, tek umudu galaksi boyunca seyahat eden ve metal değişimlerinin ücretsiz olarak sağlandığı bir gezegen olan Galaxy Express 999 için bir yolcu bileti çalmaktır. Tetsurou, bir yolcu bileti arakladıktan sonra polis tarafından takip edilir ve annesine çok benzeyen Maetel adlı gizemli bir kadının kollarına yığılır. Uyandığında çocuğa, onunla seyahat etmeyi kabul ettiği sürece 999'a girmesini sağlayacağını söyler. Bu teklifi kabul eden Tetsurou, Maetel ile kozmik demiryoluna biner ve galaksi boyunca bir yolculuğa başlar. rn