Sheryl Nome, konseri için koloni donanmasına vardığında söylentiler yayılmaya başlar ve kısa sürede Galaxy'nin ajanı olarak mimlenir. Bu sırada, Frontier ve Vajra arasındaki savaş gittikçe yaklaşırken, çocukluk arkadaşları Alto Saotome ve Ranka Lee de hayallerini gerçekleştirmeye çalışmaktadırlar. Film, hem orijinal Frontier serisinin yeniden anlatımını içemekte hem de ikinci film olan Macross F Movie 2: Sayonara no Tsubasa'ya bağlanacak şekilde yeni hikayeyi anlatmaktadır.