Shin Captain Tsubasa serisi Fransa'da yapılan 16 yaş altı dünya kupasını konu alır. Bu seri, orijinal Captain Tsubasa anime serisinin sonunda geçen 16 Yaş Altı Dünya Kupasının tekrarıdır. Japonya Milli Takımı, Almanya'da yapılan birkaç dostluk maçından sonra Fransa'ya giderek dünyanın en iyi oyuncularının bulunduğu takımlar ile karşılaşır. Avrupa'nın en iyi kalecisi Gino Hernandez, Avrupa'nın en iyi forveti Karl-Heinz Schneider, yıldız orta saha Kaltz, Tsubasa ile eşit yetenekte gösterilen Diaz ve son olarak ev sahibi konumundaki Pierre, Japonya'nın rakipleridir.