Tsubasa Chronicle TV serisinin kaldığı yerden devamıdır. Kurogane kendi ülkesine geri dönmeye, Fye kendi ülkesinden uzak kalmaya, Syaoran ise Sakura'nın hatıralarından oluşan tüyleri toplayarak Sakura'yı eski ve sağlıklı haline geri döndürmeye çalışmaktadır. Hedeflerini gerçekleştirmek için boyutlar arasında seyahatlerine devam eden Syaoran, Sakura, Fye, Kurogane ve Mokona, serinin devamında da maceralardan maceralara koşmaktadır.