ef: A Tale of Memories'in ardından devam eden hikâye; kimi ilk seride gördüğümüz, kimisiyle ise yeni tanıştığımız diğer karakterlerin ilişkilerine odaklanır. Yine iki ayrı hikâyenin anlatıldığı Memories'in ilk hikâyesinde genç Himura Yuu'nun, gizemli Amamiya Yuuko ile karşılaşması ve geçmişlerinde yaşananlar açıklık kazanır. Günümüzde geçen ikinci hikâyede ünlü violinist Shuuichi Kuze, tatil için kuzeni Aso Renji ile birlikte kalan Hayama Mizuki'yle tanışır. Birlikte zaman geçirdikçe Kuze'den hoşlanmaya başlayan Mizuki'nin önünde ise Kuze hakkında bilmediği gerçekler ilişkilerinde engel oluşturacaktır.