Kobato Hanato, çok sevimli ve iyi niyetli ama bir o kadar da saf bir kızdır. Kobato'nun acı çeken insanların kalbinden üzüntülerini alarak bunlarla gizemli bir şişeyi doldurması gibi bir de "görevi" vardır. Böylece istediği bir yere gidebilme dileği de gerçekleşebilecektir. Ancak kalbini iyileştmesi gereken ve birlikte çalıştığı birine aşık olmaması gerekmektedir...