Magic Knight Rayearth’ın hikayesi; Japonya-Tokyo’da yaşayan, Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki ve Fuu Hououji isimli üç genç bayanın, Prenses Emeraude tarafından, adına “Cephiro” denilen mistik bir dünyaya çağırılmasıyla başlıyor. Hikaru, Umi ve Fuu, Yüksek Rahip Zagato tarafından kaçırılan, Prenses Emeraude'yi kurtarmaları için Cephiro'ya çağırılırlar. Fakat bundan önce uzun bir yolculuğa çıkmaları, bu yolculuk esnasında Cephiro’nun üç efsanevi tanrısını diriltmeleri ve bununla beraber, efsanevi “Magic Knights (Sihirli Şövalyeler)” olmaları gerekmektedir. Çünkü bunu efsaneye göre, sadece başka bir dünyadan çağrılan kişiler yapabilir.