İlk serinin kaldığı yerden devam eden ikinci sezonda; Watanuki, Yuuko'nun dükkanında çalışmaya devam etmektedir. Bu sırada günlük hayatını ve çevresindekileri de etkilemeye başlayan gizemli olaylar devam etmektedir. Bir yandan yeni şeyler öğrenen Watanuki, kısa sürede kendisini de derinden etkileyecek büyük olaylara karışmak üzeredir.