Pai'ın gizemli şekilde kayboluşunun ardından Yakumo, 4 yıl boyunca kendini eğitir ve onu aramaya devam eder. Yakumo, Pai'ı bulduğunda her şeyin umduğu gibi olmadığını fark eder. Çünkü görünüşe göre Pai, hafızasını kaybetmiştir. Yakumo ve arkadaşları, ölümsüz ırk Sanjiyanların doğum yeri olan Kutsal Topraklara giderek onun hafızasını geri getirmeye çalışırlar. 3x3 Eyes animesinin devam serisidir.