.hack//G.U. Trilogy, .hack//G.U. oyunlarındaki olaylara dayanarak hazırlanmış ve .hack//Roots serisinden sonra geçen bir filmdir. Tri-Edgee karşı intikam ve Shino'yu komasından uyandırma problemi olan Haseo Player Killers'ın bir nişancısı olarak araştırma yapmaya başlar. Her ne kadar Haseo hoşlanmamış olsa da Atolli adında bir kızla karşılaşır ve Atolli Haseo'ya yardım etmeye karar verir. Bu arada Haseo yeni düşmanlar kazanır ve üyeleriyle birlikte AIDA diye bilinen varlığı rahatsız eden komanın arkasındaki sırrı çözmeye çalışır...