Yakın gelecekte ansızın ve açıklanamayan sebeplerden ötürü yükselen deniz seviyesi medeniyetin çoğunu sular altında bıraktı. Birkaç yıl önce bir kazada annesini ve yürüme yetisini yitiren Ikaruga Natsuki, büyük şehrin debdebesinden çıkarak köydeki evine döndüğünde evinin neredeyse sular altında kaldığınu gördüğünde sukuta uğrar. Öksüz kalmışken üstüne miras kalan tek şey okyanus bilimci nenesinin gemisi, denizaltısı ve borçlarıydı. Natsuki'nin geleceğe dair yetim kalmış buruk hayallerini yeşerten tek fırsat ise kimin nesidir bilinmeyen, alacaklı Catherine tarafından verilir. İkisi beraber Natsuki'nin nenesinin bıraktığı söylenegelmiş bir hazineyi bulmak için onun batık laboratuvarına doğru yelken açarlar. Ancak buldukları şey ne altındır ne de mücevherdir ki denizin dibindeki bir tabutta öylece yatan Atri adında bir kızdır.