1995 yılında Kamikakushi adasında 800 insan bir gecede kaybolmuştur. Sadece basit bir kız hafızasını kaybetmiş olarak bulunur ve kaybolmalar hakkında hiç bir şey hatırlamaz. 4 yıl sonra Mari adındaki bu kız bir kız yatakhanesi olan Kaihou Gakuen Okulu'na, büyükannesini geride bırakarak gelir. Burada Hagino adında ki bir kızla tanışır. Bu kız okulda bir idoldür ve okul konseyinde ki görevlerini kusursuzca yapmaktadır. Gerçekte bu kız dünya'yı istila etmeden önce keşif için gönderilen bir yabancıdır. Kamikakushi adasındaki olayda 200 mürettebatı olan blue savaş gemisi ile ada sakinleri birbirlerini öldürmüştü ve Blue gemisinin kaptanı Hagino'idi. Blue zarar gördü ve Hagino gemiyi sakladı. O günden sonra Hagino insan toplumuna karışarak keşfine devam etti. Hagino okul yaşamında diğer öğrencilerle kavga ederken, Mari onun kabuğundan dışarı çekmeye başlar ve Dünya'daki misyonu hakkında şüphelere sahip olur.