San Francisco’daki bir bilim adamı, Susa-no-o’ya ihtiyaç duymadan Neo-Aragami’ler yaratmayı başarır. Bu yaratıklar California’yı tehdit etmeye başlayınca hükümet TAC’den yardım ister. Momiji ve Kusanagi’nin ilişkileri ise sallantıdadır. TAC’nin geri kalanı sorunu tamamen ortadan kaldırmak için etkili bir yöntem arayışına girerler. Bu arada Kusanagi gibi bir Aragami olduğunu iddia eden gizemli bir kız, TAC ve Momiji için kaos yaratmaya başlar.