Hikayenin başlangıcından 20 yıl önce Dünya'ya doğru giden bir asteroit Plüton'u yok etti. Thanatos isimli bu asteroit Plüton'un yok olması üzerine bir süreliğine duraksadı. Şimdi ise Dünya'nın yok olmasından kaçınmak için bir güneş sistemi inceleme bürosu olan ISDA, D Projesi isimli bir proje üzerine çalışıp, okyanus altında buldukları yumurta ile Dragonaut'ları oluştururlar. Bu silahın ana amacı ise zamanı geldiğinde asteroiti yok etmektir ama sonra bir ejderha kadar güçlü yaratıklar ortaya çıktığında fark ederler ki karşılaştıkları tek tehlike asteroit değildir.rnrnBu yaratıklardan birinin sebep olduğu cinayete tanık olan 18 yaşındaki Kamishina Jin çok yalnız bir çocuktur. Ailesini 2 yıl önce bir mekik kazasında kaybetmiştir ve ejderhaların bu gizemine bulaştıktan sonra Dragonaut'un seçilmiş bir pilotu olur. Yolculuğunda yardımcı olan Toa ise Jin Kamishina'yı yüksekten düşüp ölmek üzereyken kurtarır.rnEjderhaların gizemlerinin derinliklerine inerken, yeni dostlar ve yeni düşmanlarla karşılaşırlar ayrıca daha yakın bir ilişkileri olur.