Hikâye, İsa’nın kâsesinin, Fuyuki’de Üçüncü Kutsal Kadeh Savaşı’ndan sonra gizemli bir şekilde kaybolduğu paralel evrende geçer. Yıllar süren barış, Beşinci Kutsal Kâse Savaşı’na yakın zamanda, bir rahip ailesi olan Yggdmillennia, kâsenin asıl sahibi olduğu için Büyücü Birliği’nden ayrıldığını açıkça beyan etmesiyle sonlanır. Birlik, kâseyi geri almak için elli tane rahip yollar, bunların arasından sadece bir tanesi Gizemli Hizmetçi tarafından katledilmez. Hayatta kalan rahip, 14 tane Hizmetçi çağrılmasını sağlayan Kutsal Kâse’nin rezerv sistemini aktif etmeye çalışır. Trifas şehrinde, iki grup da yedi Hizmetçi’yle kutsal emanetin kontrolünü ele geçirmek için savaşırlar.