Sene 1999. Normalde sessiz ve sakin bir şehir olan Morioh yakın zamanda kötü ve tuhaf olayların merkezi haline gelmiştir. Artık denizci biyolog olan Joutarou Kuujou bu gizemli şehre Jousuke Higashikata ile tanışmaya gelir. İlk başta bu ikisi yabancı görünse de aslında Josuke Joutarou'nun büyükbabası Joseph Joestar'ın gayrimeşru çocuğudur. Tanıştıklarında Joutaro Josuke ile kan bağından daha fazla yakınlıkları olduğunun farkına varır. Nazik huylu Kouichi Hirose ve gürültücü Okuyasu Nijimura ile birlikte grup kendilerini Morioh şehrinde yaşanan ortadan kaybolmalar ve diğer tuhaf olayları araştırmaya adar. Stand güçlerinin eklenmesiyle bu dörtlü şehrin her bir gizemini çözdükçe yeni bir tehlike ile karşılaşırlar.