Keroro, kendi gezegeninden Dünya’yı ele geçirmek için gönderilen kurbağaya benzeyen bir uzaylıdır; ama gerçek kimliği ortaya çıkınca taburu onu terk eder ve Keroro kendisini Hinata ailesinin evinde bulur. Orada, ev işleri yapmak ve masum bir kızın hayaletinin mesken edindiği,eskiden hapishane hücresi olduğu sanılan karanlık bodrum katında uyumak zorunda bırakılır.Hatta zamanını Gundam maketleri yaparak harcar.Orada kaldığı zaman içerisinde, Keroro kendisi gibi başarısızlıkları sebebiyle ortada bırakılan arkadaşlarıyla da buluşur.