Dünya Birliği'nin tarafsız olarak bilinen Heliopolis Kolonisinde, gizli bir araştırma merkezinde silah üretimi yapılmaktadır. Coordinators dan oluşan bir kaç Zaft üyesi, bu merkezi basarak prototip halindeki 5 Gundam den 4'nü çalarlar. Bu çatışma arasında kalan Kira Yamato, geri kalan prototip Gundam'i kullanıp insanları korumak zorunda kalır. Çatışma esnasında en iyi arkadaşı Athrun Zala'nın prototipleri çalan grupta olduğunu görmesi ilerde onu bir seçim yapmaya itecek ve Dünya Birliği tarafında savaşmaya başlayacaktır.