Hikaye Tokyo valisine gelen bir tehdit mektubuyla başlar. Ancak Conan'ın çabuk davranması sayesinde metro tünelindeki patlamada olası bir facianın önüne geçilir. Conan, patlamanın valinin yıllar önce gerçekleştirdiği bir baraj inşaasında taşınan köyle ilgisi olabileceğini düşünür. Ve bir sonraki saldırısından önce suçluyu durdurabilmek için olayı araştırmaya başlar.