Ruhları görme yeteneği olan Natsume Takashi, bunu uzun zamandır sır olarak saklamaktadır. İnsanlar tarafından dışlanan, gördüğü hayaletlerle de arası pek olmayan Natsume'ye, günün birinde vefat eden büyükannesi Reiko'dan garip bir kitap miras kalır. Kitap, büyükannesinin ruhları hapsetmek için kullandığı bağlayıcı anlaşmalarla doludur ve şimdi de Natsume'ye aittir. Artık Natsume'nin yeni bir amacı vardır: Bu ruhların hepsini serbest bırakacaktır. Fakat birbiri ardına ortaya çıkan varlıkların hepsi ona karşı dost canlısı davranmayacak, hatta birçoğu intikam peşinde olacaktır. Buna rağmen Natsume, yardım etmeye kararlıdır.