Bin yılın eşiğinde, insanlığın geleceği için nihai savaş sahnelenmektedir. Kamui, savaş isteğinde bulunmasa da hangi taraf için savaşacağına karar vermelidir. Kamui, iki çocukluk arkadaşı Fuma ve Kotori Monou'nun büyük bir tehlike içinde olduğunu anlayana kadar, Kader Yılı: 1999'un doruk noktasına ulaşan mücadelesinde kaderindeki konumuna adım atmaya karar verir.