kinci sezonun sonundaki savaşın ardından Tristain Akademisi'ne dönen Saito ve Louise, Saito'nun anlaşmasının izlerinin kaybolmaya başladığını fark ederler. Artık "efendi ve yardımcısı" bağından öte bir ilişkiye sahip olan ikili, Saito'nun güçlerinin kaybolmasının nedenini aramaya başlar.