Armitage III : Poly Matrix’deki hikâyeden yıllar sonrasında Naoimi Armitage ve Ross Sylibus, Mars üzerinde kızları Yoko ile birlikte kimlikleri gizlenmiş bir şekilde yaşamaktadırlar. Ross, Mars’a dev buz astrodilerinden elde edilecek su ile yapılacak okyanus üzerine yapılan bir araştırmaya katılmıştır, ancak bu proje Naomi'nin Dünya’ya yolculuk yapmasına neden olacak bir başka araştırmayı keşfetmelerine neden olur.