Hikaye Lelouch’un ikinci kişiliği “Zero” moduna geçtiği ve “Kara Şövalyeler” denen bir asi ordusu kurduğu 2017’de geçiyor. Hikayenin geçtiği yer ise Avrupa Evreni müttefik uluslarının Kutsal Britanya İmparatorluğu’nun güçlü kuvvetleri tarafından işgal edildiği Avrupa. Yenilginin eşiğine gelen Avrupa Evren ordusu genç pilot Akito Hyuuga’nın da üyesi olduğu “W-O” denilen özel bir birim oluşturur. Eski Britanyalı aristokrat Layla Malkal A. E. ordusunun yardımına koşar ve Japon gençlerden oluşan “Wyvern” güçlerini komutası altına alır. Dikkatsiz bir şekilde savaş alanına koşarlar. Hayatta kalma ihtimali çok düşüktür ama yine de özgürlükleri ve dönmek istedikleri “yuvaları” için savaşırlar.