2036 yılında geçen hikâyede, yaşanan nükleer bir kaza sonucu meydana gelen radyoaktif kirlilik Tokyo’nun kuşatma altına alınmasına neden olur. Üç liseli kız bu ölü şehre gönderilmiştir. Genetik mühendisliğin yardımıyla bu üç kız radyoaktiviteye karşı bağışıklı olarak doğmuşlardır. Bu kızlar “Coppelion” adı verilen Japon Kara Kuvvetleri’nin 3. Bölümü adına çalışmaktadır.