Digimon Xros Wars: Toki wo Kakeru Shounen Hunter-tachi Bagramon ve şirketin yenilmesinden bir yıl sonrasını konu alır. O zamandan sonra Taiki Kudou ve Yuu Amano Yuu'nun sınıf arkadaşı Tagiru Akashi ile birlikte basketbol takımı kurmuştur. Bir gün Tagiru insan ve dijital dünya arasında var olan ve DigiQuartz denilen tuhaf ve kararsız bir dünya keşfeder. Tagiru daha sonra dünya çapında çocukların Xros Loaders ve Digimon partnerleriyle "Digimon Avı" denilen bir yarışmaya sürüklendiğinin farkına varır. Dijital dünyadan ayrılıp DigiQuartz'a giren digimonlar dünyadan yayılan negatif enerjiyle beslenebilmektedir. Bu onları daha güçlü yapsa da aynı zamanda inanılmaz derecede saldırgan yapmaktadır. Sonuç olarak Digimon avcıları onları durdurarak dünyayı korumalıdırlar. Taiki ve Yuu'nun önceki Digimon bağlantılarından habersiz Tagiru başbelası Gumdramon ile katılıp üst seviye digimon avcısı olmayı hedefler .DigiQuartz'ın oluşumunun arkasında yatan uğursuz güçlerle birlikte genç avcılar kısa sürede Digimon Avı'nın basit bir oyun olmadığını anlayacaktır...