Mushi-uta'nın hikâyesi yakın gelecekte yer alır. Hikâyenin başlangıcından on yıl önce, Mushi olarak bilinen garip böcek benzeri yaratıkları görünmeye başlar. Mushi, doğaüstü güçlere dönüşen insanların rüyalarını ve düşüncelerini tüketebilmektedir. Daisuke "Kakkou" Kusuriya, genç bir kız olan Shiika Anmoto ile karşılaşır. Ve zamanla birbirlerine yakınlaşırlar. Mushi tarafından ele geçirilmiş olan GARDEN olarak bilinen gizli hapishaneden Shiika kaçar. GARDEN'in askeri kuvveti, Özel Çevresel Koruma Yönetici Ofisi, Shiika'yı bulması için en iyi katiline bir mesaj yollar. Gizli tutulan Ladybird tarafından Mushibane direnç organizasyonu farklı bir dirençle karşılanır.